ファイルクリーナーはそれほど注意しなくても良いですが
レジストリの方は消そうとしているキーが何なのかわからない場合は辞めた方がいいです。
デフォルト設定で検出された物をすべて消去したら
セキュリティソフトの破壊(ある設定項目が選択不可能に)、
windowsアップデートの更新プログラムの破壊(アンインストールされた状態になり再びインストール求められた)
私一人だけでも過去に2度問題が出います。
他のソフトよりマシだといっても十分危険ですので
レジストリクリーナーはそれなりの覚悟を持ちバックアップを必ず取りましょう。