Portable版ですが、更新の度に設定をし直す必要がある為、本体に導入する場合は基本的にはinstall版をお勧めします。
ただ、レジストリが汚れない点、他の抱合せソフトの点等を考慮しての利用も一つの判断になりますね。
但し、セキュリティ面はinstall版と同様と思います。
一度、起動させるとソフトによってはバックグラウンドプロセスをWindowsのサービス等に登録してしまうのもある為、注意が必要と思います。
私の場合、Pemtium4 Memory1G OSがWindows7homePro 64bitと言う,何とも言えない無茶ぶりを感じる友人のPCに導入した際に,了解を得てPortable版を導入しました。
その際に、出来る限り以外のソフトも了解を得てPortable版にして、若干ですが、パフォーマンスの向上をさせた事とがあります。(ただ、飽く迄も非力なPCに多々ソフトを導入していたので、例外的措置です)