リニューアルされた…というより、日本語版が終了し、英語版のインターフェースと統一されたようです。
以前までは英語版のURL https://www.virustotal.com/gui/home/upload へアクセスしても、強制的に日本語版のURL https://www.virustotal.com/ja/ にリダイレクトされていました。
しかし現在は、日本語版のURLへアクセスしても英語版のURLへリダイレクトされてしまうようになっています。
※ 過去の VirusTotal のスキャン結果へのリンクについても英語版へリダイレクトされるようになっています。
旧インターフェースとの違い
旧インターフェースでは日本語対応していました。
新インターフェースでは英語表記＆デザインも洗練されたものとなっています。
以前のインターフェース同様にファイルのスキャン、URLのスキャンなどはそのまま利用できるので、大きな変更といえば日本語から英語に変わった、ということに尽きそうです。
【2019年6月4日12：13追記】
スキャンするファイルの容量上限も撤廃されています。日本語版では128MBが上限でしたが、300MBを超えるファイルのスキャンも実施することができました。
--追記終わり--
どのくらいの数のスキャンエンジンが脅威を検出したのか、何のスキャンエンジンがどのような脅威を検出したのか、といった表示はほとんど同じなので、基本的な操作、利用方法については数回使えば違和感がなくなるのではないかと思います。
