何回もすいません。いろいろやってみて、Trayconizerというソフトを使うと自動で起動したときにSystem Trayにミニマイズできました。やり方は、Tryconizerをインストールします。（僕の場合は、Trayconizer.exeの入ったtrayconizerフォルダーをProgram Files (x86)にコピーするだけ。）KomomiteのショートカットをStartup folderに入れて、そのショートカットのPropertiesのTargetを"C:￥Program Files (x86)￥trayconizer￥Trayconizer.exe" -minimize "C:￥Program Files (x86)￥Kokomite￥Kokomite.exe"にしただけです。