×ボタンでシステムトレイに最小化する設定を行っているのならば終了したつもりでもプロセスは残ります。初期設定ではそのような設定にはなっていません。
自分の環境では終了してもプロセスが残るという現象は特に発生していません。
終了に時間がかかっているだけなのかもしれません。
全てのバージョンで同じ現象が起きているのならば、使用しているパソコンに何か問題があるのかもしれません。
特定のバージョンのみで起こるのならば、ソフトのバグの可能性があります。GitHubでバグを報告してみるのが良いかもしれません。