Mozilla のプラットフォーム製品(Firefox、Thunderbird、SeaMonkey、Waterfox などの派生仕様)には、すでに、SQLite データベースを自動最適化するプログラムが備わっています。
それらには、データベースの断片化の可能性を減らすために、データベースには意図的に「null」スペースが使用されています。そのため、サードパーティー製品のボトムラインオプティマイザ(CCleaner、SpeedyFox、など)で「バキューム」機能を使用した場合には、SQLite データベースが不整合することになりかねず、(いわゆるプロファイルが破損し)アクセス不能という最悪の事態に陥りかねません。
実際、過去、幾度となく(Mozilla に)事例報告が上がっているため「Mozilla 公式は、(サードパーティー製品などの)外部の機能を使用しないで下さい!」と警告しています。
このような「ボトムラインオプティマイザ」機能は、(RAM の使用制限のある)32bit OS 時代の過去の遺物です。OS もアプリケーションソフトウェアも、あらゆるものが「64bit」に最適化(“十年ひと昔、日進月歩” さながらに最新のテクノロジーで構成)されている当世では、時代に即した選択が必要です。